《女醫(yī)明醫(yī)傳》結(jié)局是祁鈺在除夕夜病逝，允賢逃脫了殉葬的命運，卻意外地失去了腹中的孩子，之后便離開了皇宮，遠走天涯，十年之后朱祁鎮(zhèn)找到了允賢。
允賢還是沒能保住她與祁鈺唯一的孩子，不幸小產(chǎn)。此時的朱祁鎮(zhèn)在孫太后與百官的哄騙支持之下，無奈即位，危難之中重新?lián)鹆舜竺鞯闹厝巍榱嘶屎鬄榱颂?，更為了江山社稷與天下百姓，朱祁鎮(zhèn)必須放棄私心，重新回歸那座高位。
此時的允賢也終于走出皇宮的高墻，在江湖之中找到了真正屬于自己的位置，將她濟世濟民、行醫(yī)救人的理想付諸了行動。這樣的快樂讓她終于得以忘記了失去愛人孩子的痛苦，實現(xiàn)了自我的價值。
這一次，朱祁鎮(zhèn)等來了與愛人相伴，攜手一生的機會。當(dāng)他推開允賢醫(yī)館的大門，二人四目相對的一刻，不需要任何言語，暖暖的溫情已然流淌在他們的心間。歷盡世間滄桑的這對愛人，終于迎來了他們幸福的未來。
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